算法语言在代谢途径系统组合中的应用举例。例如，对于一个由代谢物A到代谢物L的途径而言，首先借助于酶学数据库列出两者之间所有可能的生化反应序列：（a）A→B（b）B↔C（c）C↔D（d）C+D↔F+K（e）F+K↔H+E（f）H+D↔E+F（g）A↔E（h）E→F+G（k）F↔G（m）G→L上述反应包括了所有的反应物和副产物，其中A为初始反应物，L为目的产物。而（b）、（c）、（d）、（e）、（f）、（g）和（k）均为可逆反应，其逆反应分别定义为（-b）、（-c）、（-d）、（-e）、（-f）、（-g）和（-k），将每个正反应和逆反应均看作为一步部分途径，则上述的反应序列又可解析为：A→[a]→BB→[b]→CC→[-b]→BC→[c]→DD→[-c]→CC+D→[d]→F+KF+K→[-d]→C+DF+K→[e]→H+EH+E→[-e]→F+KH+D→[f]→E+FE+F→[-f]→H+DA→[g]→EE→[-g]→AE→[h]→F+GF→[k]→GG→[-k]→FG→[m]→L由此可以获得一系列参与构成相关途径的代谢物：（A）[a]，[g]，[-g]（B）[b]，[-b]，[a]（C）[b]，[-b]，[c]，[-c]，[d]，[-d]（D）[c]，[-c]，[d]，[-d]，[f]，[-f]（E）[e]，[-e]，[f]，[-f]，[g]，[-g]，[h]（F）[d]，[-d]，[e]，[-e]，[f]，[-f]，[h]，[k]，[-k]（G）[h]，[k]，[-k]，[m]（H）[e]，[-e]，[f]，[-f]（K）[d]，[-d]，[e]，[-e]（L）[m]接下来便可进行途径的组合，其原则是选取参与途径反应最简单的代谢物以简化途径。例如，L参与的反应最少，是最优先考虑对象，但L为目的产物，仅由反应[m]产生，对其他代谢物无任何影响，事实上已经是最简单的反应序列。其次是考虑选取A或B，两者参与的反应一样多。假定现在随机选取B，为了将其从整个代谢途径中消除，构建新的反应过程[a，b]，它来自反应[a]和反应[b]的组合，即[a]+[b]=[a，b]。这里必须强调的是，在途径组合过程中不允许选取可逆反应的两个方向进行组合，如[b]+[-b]等，因为这种构建过程会造成组合途径的死循环。由此处理后，上述整个反应序列可简化为：A→[a，b]→CC→[c]→DD→[-c]→CC+D→[d]→F+KF+K→[-d]→C+DF+K→[e]→H+EH+E→[-e]→F+KH+D→[f]→E+FE+F→[-f]→H+DA→[g]→EE→[-g]→AE→[h]→F+GF→[k]→GG→[-k]→FG→[m]→L与之相对应的一系列参与构成相关途径的代谢物分别为：（A）[a，b]，[g]，[-g]（C）[a，b]，[c]，[-c]，[d]，[-d]（D）[c]，[-c]，[d]，[-d]，[f]，[-f]（E）[e]，[-e]，[f]，[-f]，[g]，[-g]，[h]（F）[d]，[-d]，[e]，[-e]，[f]，[-f]，[h]，[k]，[-k]（G）[h]，[k]，[-k]，[m]（H）[e]，[-e]，[f]，[-f]（K）[d]，[-d]，[e]，[-e]遵循上述原则，继续选取参与反应最少的代谢物A进行简化过程。由于只有[-g]积累A，故可构建新的组合途径[-g]+[a，b]=[-g，a，b]，从而消除[-g]反应。接着再从反应步骤G、H、K中任意选择G，由于反应[-k]和[m]是消耗G的，而[k]和[h]则产生G，因此又可组合四种途径。在排除[-k]和[k]的可逆反应组合后，还剩下[h]+[k]=[h，k]、[h]+[m]=[h，m]和[k]+[m]=[k，m]三个反应组合。消除G参与的各反应，整个途径进一步简化为：A→[a，b]→CC→[c]→DD→[-c]→CC+D→[d]→F+KF+K→[-d]→C+DF+K→[e]→H+EH+E→[-e]→F+KH+D→[f]→E+FE+F→[-f]→H+DA→[g]→EE→[-g，a，b]→CE→[h，-k]→2FE→[h，m]→F+LF→[k，m]→L此时，有待于进一步处理的剩余代谢物系列为：（C）[a，b]，[c]，[-c]，[d]，[-d]，[-g，a，b]（D）[c]，[-c]，[d]，[-d]，[f]，[-f]（E）[e]，[-e]，[f]，[-f]，[g]，[-g，a，b]，[h，m]，[h，-k]（F）[d]，[-d]，[e]，